两个研究组在研究过程中进行了合作，虽然还需要研究更多的DNA序列来解释许多关键性问题，但他们均表示，迄今为止，已经粗略找到尼安德特人和现代人类以及欧洲智人在进化过程中分道扬镳的时间。
《自然》杂志的一篇文章预测“由于科学家近期在DNA序列研究方面的进展加速，人类可能会在两年内完成一个完整的尼安德特人基因组图谱。”德国莱比锡马克斯—普朗克人类进化学研究院的首席科学家Richard Green说：“这是古人类DNA分析的黄金时代。”
尼安德特人曾与现代智人共同居住在欧洲和西亚的相同区域直至3万年前灭绝。两个研究组在用基因证实这两个人种何时共有最近的祖先时，得出了不同结果。
其中一个研究组的首席科学家Edward Rubin在《科学》杂志上发表文章说，他们最近的祖先可能生活在大约706000年以前。而另一个由德国莱比锡马克斯－普朗克学会的古生物基因学家Svante Poobo带领的研究组在《自然》杂志上发表文章说，他们经过DNA的序列研究，发现尼安德特人和现代人类在大约516000年前才脱离了对方的进化过程。
基因的研究可能揭示了一个长期有争议的古人类理念：尼安德特人可能和现代人类杂交。日前，另外一个研究组提出一种观点说：“现代人类需要与那些濒临灭绝的智人杂交以获得大脑发育需要的脑磷脂基因，这种智人或许就是尼安德特人。罗马尼亚洞穴中出土的3万年前的古人类头盖骨化石为这两种人类曾经杂交提供了有力的证据。”
“最新的数据也证明了这两种人类在一定程度上有交配历史的事实。”Poobo说，“一种迹象表明现代人类的基因曾经流向了尼安德特人，如果这种情况发生，那么尼安德特人的基因就会被现代人类的基因‘污染’，我们已经找到了‘污染’所在。”
然而，另一个研究组（美国加利福尼亚联合基因组研究所）的负责人Rubin说：“我们没有发现任何证据表明这两种人类曾经混种过，但因为没有足够的尼安德特人基因序列进行研究，我们也不能确定他们之间没有发生杂交。”
Rubin的研究组已经分析了65000个尼安德特人基因的碱基对，而每个现代人类和每个尼安德特人大概拥有10亿个碱基对。洛杉矶南加利福尼亚大学计算机生物学家Jeffrey Wall建议说：“研究组应该对更多的尼安德特人的基因进行分析，他们应该解决所有悬而未决的问题，让所有人都能得到满意的回答。”
这两个研究组采取了不同的方法对尼安德特人的基因进行分析，经过实验，他们一致认为，这两种人类基因之间的差异小于0.5%。
这两个研究组已经把他们对尼安德特人基因的分析结果写进了公众可以进入的数据库，目前这个数据库中已经存有500万个尼安德特人碱基对。Poobo预测说，到明年春天，1%的尼安德特人的基因组可以得到确认。
Rubin现在正在探索一种新的基因分析方法，这种方法将通过特殊基因寻找尼安德特人和现代人类的不同之处。他介绍说：“一旦这种方法得到确认，将能找到区别这两种人类基因特质的途径。”
对特殊基因的分析将从影响现代智人语言表达能力的基因——FOXP2上开始。据了解，FOXP2基因是定位于人类第七染色体上的，它与语言能力的联系是通过一个家族语言障碍病例而发现的。这个基因发生突变会影响语言能力，同时它也是一个孤独症易感基因。有关研究表明，由于20万年前FOXP2基因上两对碱基对发生突变，明显改变了相关蛋白质的形态，赋予人类祖先更高水平的控制嘴和喉咙肌肉的能力，使智人获取了远强于其他人种的语言能力。很多动物身上都有FOXP2基因，但是人类的这种基因和包括黑猩猩在内的其他动物的这种基因有很大的区别。
这种特殊基因的转移研究需要提供更多的尼安德特人的个体基因，古人类学家和基因学家正在探寻更多的尼安德特人的洞穴和骨头。
“最终，古人类学家和基因学家的命运将会紧密相连。”加利福尼亚联合基因组研究所研究组的博士后James Noonan在《科学》杂志上发表文章说，“生物特性如何通过基因分析进行研究与基因种类及数量的多少有很大关系。” （祝魏玮）
